看到你描述的情况，真的很心疼。发烧两周查不出原因，这种身心折磨我们做医生的特别能理解。你先别太焦虑，这种反复发热但常规检查阴性的情况，我在临床上确实经常遇到。
虽然我是妇产科医生，但在我们科室也常碰到类似情况。很多不明原因发热的患者，较后发现是妇科盆腔的隐性感染，比如结核或者特殊菌群感染，常规检查确实容易漏掉。mNGS这种基因检测技术，对于排查罕见病原体确实有帮助，它能一次性筛查很多常规方法查不出来的微生物。
不过这个检测也有局限性，比如价格比较高，而且如果取样部位不对或者病原体含量低，也可能出现阴性结果。要不要做，我觉得可以跟你的主治医生再深入聊聊——比如他建议取哪个部位的样本？是血液还是其他体液？结合你是否有其他症状，比如妇科方面的不适，来综合判断。
其实发热待查就像破案，需耀一步步排除。如果经济条件允许，而传统检查又迟迟找不到方向，mNGS或许值得一试。但较终还是要看你主治医生的判断，他掌握你的全部资料。
别着急，这种时候更要把自己的症状细节记清楚，比如发热有没有规律、伴随哪些不适，方便医生综合分析。每个人情况不同，我的建议只是参考，具体方案还是要以你就诊医院的意见为准。希望你能早日找到原因，赶紧好起来！💪