看到你描述的情况，真的很理解你现在的心情。持续低烧咳嗽两周确实挺折磨人的，特别是检查洁果和自己感受不一致的时候，那种焦虑感我特别能体会。
我在临床上经常遇到患者对检测方法有类似的困惑。其实所谓的“金标准”并不是一成不变的，随着技术进步一直在更新。痰培养确实是传统方法，就像用显微镜找细菌，需要等细菌长出来才能看到，但有些病菌长得慢或者需要特殊条件。PCR更像是直接找细菌的“身份证”，灵敏度高很多，连死菌的碎片都能检测到。
你提到的白细胞波动和培养阴行并不矛盾。有时候抗生素使用、采样时机都可能影响结果。年前查出的肺炎链球菌这次没培养出来，也可能是用药后菌量少了，或者合并了病毒感染。护士说的“现在都做分子检测”倒是实话，我们科室统计过，呼吸道病原体PCR的检出率能比培养提高30%左右呢。
小城市三甲医院的检测水平你不用太担心，现在PCR仪器基本都是标准化操作的。取样确实可能会有点不舒服，但护士会尽量轻柔的，为了明确病因值得做一下。
具体治疗方案还是要看你主治医生的判断，毕竟他掌握你的全部情况。每个人对治疗的反应不同，检查也只是辅助手段。先放平心态，把症状详细告诉医生，配合完成后续检查较重要。