看到你的描述特别能理解你现在的心情，mNGS报告上跳出“阳性”两个字确实容易让人紧张，尤其是看到“曲霉”这种字眼，手发抖太正常了。我在神经内科也经常遇到病人拿着类似的报告来找我咨询，先别慌，我试着帮你梳理一下。
mNGS这种检测特别灵敏，有时候空气中、器械上甚至皮肤表面都可能带一点点真菌孢子，取样过程难免会带进去微量信号。你这个数值3确实非常低，远低于参考区间100，临床上我们一般会把它归类为“低载量阳性”或者可疑定植。烟曲霉其实在环境里挺常见的，很多人呼吸道里都能检测到少量存在，只要免疫力正常，我们的肺自己就能清理掉它们。
从你的描述来看，没有咳血、没有持续高热，CT也只是小结节，这些都不太符合典型侵袭性曲霉感染的特征。主治医生建议观察是有道理的，毕竟抗真菌药副作用不小，没必要一看到低数值就急着用药。我见过不少病人复查后数值就转阴了，很多时候就是黏膜暂时携带或者污染。
不过你咳嗽时间不短了，夜里咳醒也确实影响生活。建议下次复查时可以重点和医生沟通这几件事：能不能隔两周再做个支气管镜灌洗液复查mNGS？要不要加做真菌培养或者G试验/GM试验这类辅助检查？肺部结节的大小和形态有没有变化？
具体用药和治疗方案，真的得让主治医生结合你的全面情况来判断。每个人肺部环境、免疫状态都不一样，线上只能给你参考方向。放轻松点，先好好睡觉，焦虑反而影响免疫力。记得把担心的点都列出来，下次门诊和医生一条条确认，这样沟通起来更踏实。