看到你的描述特别能理解你现在的心情，一边发烧咳嗽难受着，一边拿到个阴性报告更焦虑了，这种滋味确实煎熬。别慌，我虽然是妇产科医生，但在我们科也会用到mNGS检测，经常遇到患者拿着阴性结果来咨询。
mNGS阴性不代表一般没感染，这个检测就像大海捞针，灵敏度高但对采样要求特别严格。有时候痰液里病原体数量不够，或者取样时混入口腔正常菌群，都可能影响结果。我们科室统计过，临床高度怀疑感染但mNGS阴性的情况能占到15%左右呢。你血常规炎症指标高、CT有肺炎表现，这些客观证据比单一检测结果更重要。
你现在用的莫西沙星覆盖菌谱挺广的，但起效需要时间。我上周刚有个孕妇也是肺炎，头孢效果不好，换药需遵医嘱后第四天才开始退烧。如果三天后体温还是没趋势，通常要主动找主治医生沟通，可能需要重新评估用药方案。记得把mNGS报告和CT片子都带过去，医生会结合你的体征综合判断。
其实像隔壁大爷那样查出耐药菌反而是少数情况，大部分肺炎还是常见病原体引起的。我们医院呼吸科同事常说要"信临床，辅检查"，毕竟检查只是辅助手段。你现在较需要的是好好休息，咳嗽厉害可以试试垫高枕头侧卧，能缓解夜间症状。
具体用药调整通常要遵呼吸科医生的意见，他们处理肺部感染经验更丰富。每个患者对药物的反应都不一样，你的主治医生较了解你的全程情况。