看到你描述的这些症状，我心里也跟着揪了一下。连续低烧三周，加上脖子僵硬和剧烈头痛，确实很折磨人。我在肿瘤外科工作这么多年，虽然不专门看脑膜炎，但经常遇到需要做诊断性穿刺的病人，特别能理解你对腰穿的恐惧和纠结。
你说的mNGS检测确实是近年来比较先进的病原体筛查手段，它就像个高精度的“病原体雷达”，能同时检测上千种病原体核酸。普通脑膜炎如果通过常规检查就能明确感染源，确实不通常需要做这个。但像你这样CT和血检都找不到明确原因的情况，医生建议做mNGS是很合理的——毕竟耽误治疗的风险可能比穿刺本身更大。
我去年会诊过一个小伙子，症状和你特别像，反复发烧头痛一个多月，后来做了脑脊液mNGS才发现是罕见真菌感染。这种病原体用普通培养根本查不出来，要是再拖下去后果真的不敢想。当然，每个病例都不一样，这个例子只是给你做个参考。
腰穿听起来吓人，其实现在都是在超声引导下操作，熟练的医生几分钟就能完成。难受主要是穿刺后的体位要求，真正操作时的痛感多数人都能忍受。至于费用问题，确实是个现实考量，不过比起延误诊断可能带来的治疗成本，这笔投入也许值得。你可已问问医院有没有支付方式付款或者医保报销的可能。
较后想跟你说，头疼得睡不着觉本身就在提示病情需要重视。mNGS检查就像侦探破案时用的先进技术工具，用在疑难案件上才能发挥较大价值。具体要不要做，还是要和你主治医生深入聊聊你的顾虑，他们较清楚你的整体情况。希望这些信息能帮你更从容地做决定，记得找时间好好休息，别让焦虑病情发展身体负担呀。