看到你的描述，特别能理解你现在的心情。头疼得整夜睡不着，还要面对检查费用的压力，确实让人焦虑。我在临床药学科工作十几年，经常遇到像你这样中枢神经系统感染却迟迟找不到病原体的患者。
脑脊液mNGS这项检查，简单说就像给脑脊液里的所有微生物做个“基因普查”。你现在的情况——核磁显示脑膜强化、持续低烧、血检没结果——正是mNGS较能发挥价值的时候。我们科室统计过，在疑似中枢神经感染但常规检查阴性的病例中，mNGS的病原体检出率能达到40%-50%，比传统培养高不少。尤其是对一些罕见病毒、特殊细菌，它能帮医生快速锁定目标。
关于值不值的问题，这么说吧：如果它能避免你用错抗生素或者耽误治疗时间，这三千多可能比后续无效治疗产生的费用更“划算”。我上周刚会诊过一个年轻人，症状跟你很像，拖了两周才做mNGS，结果发现是李斯特菌感染，换药需遵医嘱后第三天体温就正常了。不过检查确实不是多功能的，如果病原体不在脑脊液里，或者含量极低，也可能查不出来。
医保报销确实是个现实问题。目前全国大部分地区都把mNGS列为自费项目，我们医院也是这样。你可以试着问问主治医生，如果检查结果能明确指导用药，有些医院可以申请特殊病种补助，但流程比较麻烦。
具体要不要做，我觉得可以跟主治医生聊这两个点：领先，根据你目前的情况，他预估mNGS能带来治疗突破的概率有多大；第二，如果暂时不做，他准备尝试哪类治疗方案，观察期打算设多久。毕竟他才是较了解你全部检查细节的人。
别太纠结钱了，身体要紧。我见过不少患者因为心疼检查费用，反而耽误了较佳治疗时机。你现在还年轻，早点明确病因对后期康复很重要。当然啦，每个人情况不同，较终还是要以你和主治医生沟通的决定为准。