看到你的描述，特别能理解你现在的心情。孩子发烧难受，家长确实跟着揪心，这几天很可能没睡好觉吧。
腰穿听起来吓人，其实在儿科已经是很常规的操作了。我们科虽然不是专门看儿童颅内感染的，但我在临床上接触过不少需要做腰穿的小患者。孩子怕疼、不配合，医生们都很有经验。操作前通常会使用局部麻醉药膏，就像打针前抹点麻药一样，能大大减轻穿刺时的痛感，主要还是孩子紧张、害怕带来的不适感更强。整个过程关键是要把孩子固定好，有家长在旁边安抚着，一般几分钟就能完成。
至于mNGS出结果的时间，这个确实没有一个一般统一的标准。据我了解，从样本送到实验室开始，一般需要2到4天左右。但这个时间会受到很多因素影响，比如实验室的检测量、病原体的复杂程度等等。医生说“等通知”也是因为这个流程不在临床科室控制范围内，他们也是在等实验室的反馈。这种等待确实煎熬，但明确病原体对后续精准用药至关重要，这步等待是很有价值的。
术后孩子需要去枕平躺几个小时，主要是为了预防穿刺后头痛。小朋友可能会有点哭闹，但大多数反应都挺轻微的。
虽然我是肿瘤外科医生，但以我的经验看，你孩子目前的情况，听从神经内科或儿科感染专家的安排是正确的方向。颅内感染贵在及时明确诊断和用药，现在的煎熬是为了不走弯路。具体的时间和孩子的情况，还是要以你主治医生团队的意见为准，他们掌握着较全面的信息。别太焦虑，医生和家长的目标是一样的，都是为了孩子能尽快好起来。