看到你的描述特别能理解你现在的心情，这种反复低烧又查不出原因的感觉确实很折磨人。我在神经内科门诊也经常遇到类似情况的患者，一边要承受身体不适，一边还要为医疗费用发愁，真的不容易。
宏基因组测序确实是目前排查疑难感染的重要手段，我们科室去年统计过，对于常规检查无法明确的病例，它的病原体检出率能到40%左右。价格你说得对，基础版七八千，复杂分析可能要上万。医保报销这块比较现实——各地医保目录差异大，但这类高端检测确实多数需要自费。我有个患者之前是通过医院的临床研究项目减免了部分费用，你可以悄悄问问主治医生有没有这类机会。
至于值不值得做，我觉得要分两方面看。如果发热伴有神经系统症状比如头痛、反应迟钝，或者有免疫系统基础病，这个检查的价值会更大些。但就像你担心的，也可能存在检测不到特殊病原体的情况。我们医院通常会先排除风湿免疫性疾病，再考虑做这个检测。
筹钱方面见过患者用医保+商业保险组合，也有通过水滴筹解决的。关键还是要和主治医生充分沟通，了解这个检查对你当前情况的确诊必要性有多高。有时候退烧药调整方案后体温也能稳定下来，不通常要尽快做这么贵的检查。
别太焦虑，体温波动时先试试物理降温，保持充足睡眠对免疫系统很重要。具体检查方案还是要以你的主治医生评估为准，他们更了解你完整的病史和检查结果。