RET检测结果矛盾？深度解析NGS与FISH不一致的根源与对策
病理科医生李明面对着一份棘手的肺癌病例报告。患者组织样本的荧光原位杂交（FISH）检测显示RET基因重排阳性，但同期送检的二代测序（NGS）大Panel报告却未检出任何RET相关融合或突变。两种报告结论相左，临床医生打来电话询问：“李医生，这结果我们该信哪个？治疗到底要不要上RET抑制剂？” 这个场景在分子病理诊断室并不罕见，它尖锐地提出了一个核心问题：RET检测，不同检测方法（NGS vs FISH）结果不一致怎么办？ 这并非简单的对错判断题，而是要求我们深入技术底层，进行一场精准的“侦探”工作。
为什么同是RET检测，NGS和FISH的结果会不一样？
要解开矛盾，必须回到技术的原点。NGS和FISH，虽然目标都是探查RET基因的异常，但它们的“工作原理”和“观察视角”有着本质区别。
你可以把FISH想象成一个高精度的“空间定位仪”。它使用带有荧光标记的特异性DNA探针，去“绑定”细胞核内RET基因所在的染色体位置。如果基因发生了重排或融合，原本紧挨着的两个荧光信号就会“分开”。FISH的优势在于直观、稳定，对组织质量要求相对宽容，尤其擅长检测经典的基因断裂/融合事件。但它有个明显的局限：它只告诉你“信号分开了”，至于断点具体在哪、和谁融合（是KIF5B、CCDC6还是其他罕见伴侣？），它一概不知。它报告的是一个基于信号计数的比例，比如在100个肿瘤细胞里，有多少个出现了分离信号。
NGS则像一台超高速的“序列阅读器”。它把DNA或RNA打成碎片，进行大规模并行测序，直接读取基因的碱基序列。对于RET检测，NGS不仅能发现基因融合（通过分析异常比对上的序列片段），还能精准识别点突变（如M918T）、插入缺失等多种变异类型，并明确融合伴侣。它的信息维度更丰富，给出的是一份包含具体变异形式、变异频率（VAF）的“分子身份证”。
看，矛盾根源已经浮现！FISH阳性，可能对应着NGS能捕获的常见融合，但也可能是一种NGS探针设计未覆盖的罕见断裂点或复杂重排。反过来，NGS检出的某些低频率点突变或微小插入缺失，完全超出了FISH的检测能力。此外，肿瘤异质性是个关键干扰因素。如果RET融合只存在于一小部分肿瘤细胞里（克隆占比低），NGS可能因为变异频率低于检测下限而报阴，但FISH技术员在显微镜下恰好扫描到了这些阳性细胞，就可能给出阳性判断。样本本身的问题，比如福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）组织降解导致DNA断裂，也可能干扰NGS的文库构建和测序，却对FISH影响较小。
面对不一致的结果，第一步：深入理解报告背后的具体信息
当拿到两份矛盾的报告时，切忌匆忙做出“非此即彼”的结论。第一步，是成为一名细致的“报告解读者”。
不要只看结论栏的“阳性”或“阴性”。对于FISH报告，必须关注“阳性细胞百分比”和探针的具体设计。是单探针断裂还是双色双融合探针？阳性阈值是多少（通常是≥15%）？数值是刚好卡在阈值边缘，还是远高于阈值？对于NGS报告，则需要深挖细节：检测的是DNA还是RNA？RNA-Seq检测融合通常更敏感。测序深度是多少？变异频率（VAF）具体数值是多少？0.1%和30%的VAF临床意义截然不同。探针覆盖了RET基因的哪些外显子？是否涵盖了所有已知的融合伴侣区域？
举个例子，一份FISH报告写“RET分离信号阳性，阳性细胞率20%”，而NGS报告写“未检出RET基因已知融合”。这时，一个合理的推测是：可能存在一种NGS探针未覆盖的罕见融合伴侣或断裂点。又或者，NGS报告补充了一句“检出RET基因M918T点突变，VAF为5%”，而FISH为阴性。这完全可能，因为FISH根本检测不了点突变！此时，NGS的结果显然更具指导价值，因为针对RET点突变的靶向药选择是明确的。
所以，脱离具体数据谈矛盾，是没有意义的。必须把报告中的每一个数字、每一个注释，都放到显微镜下审视。
NGS和FISH结果冲突，究竟该以哪个为准？
这是临床最关心的问题。答案是：没有绝对的“金标准”，选择取决于你想回答的临床问题，以及哪种技术更能可靠地回答它。
在大多数追求全面、精准分子分型的现代肿瘤诊疗中，当NGS与FISH结果不一致时，NGS的结果往往被赋予更高的权重，尤其是当NGS基于RNA测序时。 原因在于其信息的精确性。NGS不仅能确认融合，还能指明对象，这对于判断靶向药疗效和预后有直接意义（例如，KIF5B-RET与CCDC6-RET的疗效可能存在差异）。对于非小细胞肺癌，国内外权威指南已逐渐将NGS列为优选或推荐的方法。当NGS报告一个明确的、VAF可观的RET融合或突变时，即使FISH阴性，也通常足以支持靶向治疗决策，因为FISH可能因技术灵敏度或探针设计问题而漏检。
那么，FISH的价值何在？它在特定场景下不可替代。当组织样本量极少、质量极差（DNA严重降解），无法进行可靠的NGS检测时，FISH因其技术鲁棒性可能成为唯一可行的选择。在一些医疗资源有限的地区，FISH作为一项成熟、相对经济的单项检测，仍是筛查RET重排的实用工具。此外，当NGS结果本身存在疑虑（例如融合序列的比对质量不高，或仅由单条测序读段支持）时，FISH可以作为一个极其重要的正交验证实验。从病理诊断习惯上，某些特定癌种（如甲状腺乳头状癌）的经典形态学特征与FISH阳性结果高度吻合时，FISH结果也会被高度重视。
如果经过上述分析仍无法决断，“寻求仲裁”是合理步骤。可以考虑用原样本的剩余组织，进行第三种技术的检测，例如针对特定融合的RT-PCR（逆转录聚合酶链式反应），它灵敏度高、特异性强，是验证融合的“金标准”之一。或者，如果条件允许，重新穿刺获取新鲜样本进行检测，以排除首次取样时的肿瘤异质性干扰。
总结与建议：为精准诊疗构建理性的决策路径
回到开头的案例。经过沟通，实验室对NGS的原始数据进行了深度挖掘，发现在一个较低测序深度下，有少量读段提示可能存在KIF5B-RET融合，但因支持数据不足，生信分析管道未将其列为阳性呼叫。结合FISH阳性（阳性率35%）的强有力证据，实验室使用RT-PCR方法对原样本进行验证，最终确认了KIF5B-RET融合的存在。这个案例完美诠释了RET检测，不同检测方法（NGS vs FISH）结果不一致怎么办？ 的解决之道：不是二选一，而是综合研判与验证。
面对RET检测中NGS与FISH结果不一致的挑战，我们倡导一套理性的临床决策路径。首要原则是“综合判读，而非孤立看待”。分子病理报告必须与患者的临床病史、影像学特征、尤其是常规病理切片下的肿瘤形态学紧密结合。一个具有典型乳头状癌核特征的甲状腺肿瘤，若FISH提示RET重排，其结果可信度就非常高。
其次，加强“医-技沟通”至关重要。临床医生应主动与分子病理医师沟通不一致的结果，共同审阅原始数据（如FISH图像、NGS的IGV可视化截图），而不是仅仅停留在报告结论层面。这种多学科协作能最大程度挖掘检测数据的价值。
最终，所有决策应指向“患者获益”。在证据链不够完美但临床亟需治疗时，基于更全面、更精确信息（通常是经过验证或深度分析的NGS结果）的尝试性治疗，可能是合理的。同时，我们应认识到，技术本身在不断发展。液体活检、单细胞测序等新技术的应用，未来有望更好地克服肿瘤异质性，为RET检测提供更清晰的答案。
精准医疗，精于检测，准于解读。当不同检测方法发出不同声音时，这不应成为诊疗的终点，而应视为深入探究肿瘤生物学本质的起点。唯有理解技术原理、尊重数据细节、坚持多学科协作，我们才能在复杂的分子图谱中，为患者找到那条最有效的治疗路径。
